Het Rijksonderwijs werd vanaf 1988 omgevormd naar het Gemeenschapsonderwijs van de Vlaamse Gemeenschap. De structuur van het Gemeenschapsonderwijs bestaat uit één Centrale Raad en Lokale Raden. Hierdoor kwam er een ontbinding van de Commissie van Toezicht en de Commissie Beheer Eigen Vermogen. Een van de laatste belangrijke beslissingen van de Commissie van Toezicht was het aanstellen van een opvolgend directeur. 

Op 17 oktober 1987 werd, na voordracht van de toenmalige Commissie van Toezicht, dhr. Ernest Maes door het Ministerie van de Vlaamse Gemeenschap officieel aangesteld als tweede directeur van de Rijksmuziekacademie Voeren.

Ernest Maes trad in de voetsporen van zijn voorganger André Vergauwen en onderhield nauwe contacten met de muziekverenigingen en de hafabra-wereld uit de regio. Onder zijn impuls kregen ook de strijkersklassen en de afdeling Woord veel aandacht en veranderde hij de naam van Rijksmuziekacademie Voeren naar de Muziekacademie Johannes Ockeghem. 

Sinds 1991 zijn er grondige wijzigingen doorgevoerd ten gevolge van de herstructurering van het muziekonderwijs. Ernest Maes ging met zijn leerkrachtenteam hiermee aan de slag en introduceerde nieuwe vakken zoals algemene muziekcultuur, instrumentaal ensemble, begeleidingspraktijk, nieuwe cursussen (viool, hobo,…), algemene inleiding op de repertoirestudie, voordracht en toneel. Hiervoor moesten tal van nieuwe, competente leerkrachten worden aangeworven. Hij richtte ook het pedagogisch college op, dat instond voor pedagogisch en artistiek advies aan de academie, met als leden Wilfried Theunissen, Conrad Onclin, Jan Boon, Marc Briers, Aurelli Olownia en Mathieu Alberigs.

Ook heeft hij de “Prijs Ernest Maes” in het leven geroepen, waarbij de beste leerling uit het domein muziek wordt gehonoreerd met een geldprijs die door hem wordt geschonken en elk jaar opnieuw (ook na zijn pensioen!) door hem wordt uitgereikt tijdens de proclamatie op het einde van het schooljaar.

Door zijn toewijding aan de academie, heeft hij zijn directiefunctie als stimulator en animator tot einde schooljaar 1998-1999 mogen vervullen.