Na het vertrek van directeur Ernest Maes op het einde van het schooljaar 1998-1999 werd een nieuwe sollicitatieprocedure opgesteld voor het ambt van directeur. De toenmalige Lokale Raad schoof Mathieu Alberigs naar voren. 

Mathieu Alberigs was afkomstig uit Elsloo. Hij was al jarenlang verbonden als leerkracht orgel en had binnen de schoot van de academie een vocaal ensemble opgericht. Hij dirigeerde enkele koren in de Nederlandse buurgemeenten en had nauw contact met amateur- en beroepsmuzikanten uit de regio.

Vanaf september 1999 werd hij aangesteld als directeur en trachtte hij de lijn die door zijn voorganger werd uitgestippeld naarstig verder te zetten. Hij hechtte vooral belang aan de inspraak en gedragenheid van de verschillende actoren binnen de academie en hield daar rekening mee om de visie van de academie verder te ontwikkelen en uit te dragen. Hij activeerde ook een aantal nieuwe functies zoals het Kernteam en vakwerkgroepen, waardoor de leraren meer inspraak kregen in het pedagogisch beleid.

De renovatie van de schoolgebouwen in Voeren drong zich begin jaren 2000 op. Dankzij de enorme inzet van Guy Theelen, lid van de Raad van Bestuur Scholengroep 13 en Henri Broers, voorzitter Schoolraad, werd aan het gebouw in Voeren een grondige renovatie doorgevoerd. Samen met directeur Mathieu Alberigs werden de werken gedurende het schooljaar 2004-2005 op de voet gevolgd. In april 2009 werd het gebouw geopend, dat nu nog voldoet aan de normen en eisen van een hedendaagse onderwijsinstelling.

In 2013 kreeg Mathieu Alberigs van de Culturele Raad van Voeren de Cultuurprijs. Deze erkenning kreeg hij voor zijn verdienste binnen de muzikale en culturele wereld in de regio. Als leraar orgel, directeur, koorleider en initiatiefnemer van concerten in de streek leerde hij Voeren ‘samen’ zingen. Uit handen van voorzitter Jean Duijsens kreeg hij een origineel symbolisch kunstwerk en werd de avond opgeluisterd met muziek uitgevoerd door leerkrachten van de academie en het Vocaal Ensemble.

In het schooljaar 2011-2012 deelde Mathieu Alberigs het ambt van directeur met Conrad Onclin, om het schooljaar erna de fakkel volledig aan hem te kunnen doorgeven.